宝能于2016年开始收购中国房地产开发商万科股份有限公司。以下是收购过程的详细概述：

1. 宝能的入股：2016年初，宝能通过港股市场buy了万科公司约5%的股份，成为其zuida股东之一。

2. 收购计划的公开：2016年12月，宝能公开表示有意增持万科股份，并计划成为其控股股东。

3. 披露持股情况：宝能于2016年12月底披露，其持有万科约25%的股份，并表示有意进一步增持。

4. 交易挑战：万科管理层对于宝能的收购计划表示担忧，担心宝能可能试图改变万科的战略和管理。

5. 公司的自我保护措施：为了应对宝能的收购，万科管理层采取了一系列措施，包括发行优先股来稀释宝能的权益，并筹集资金buy宝能的股份。

6. 收购协议的达成：2017年1月，宝能与万科管理层达成了一项协议，同意宝能不再进一步增持万科股份，并同意万科进行一次股权转让。

7. 股权转让的完成：根据协议，宝能将其持有的万科约25%的股份转让给深铁集团，深铁集团是中国铁路建设工程总公司的全资子公司。这一交易使得深铁集团成为万科的第一大股东。

8. 完成交易的后续：宝能完成了其对万科的部分股权转让后，继续持有万科的一小部分股份。

总的来说，宝能通过逐步增持万科股份并与万科管理层达成协议，最终将其部分股权转让给深铁集团，完成了对万科的收购。